紫外线杀菌器的杀菌原理是利用紫外线光子的能量破环水体中各种病毒、细菌以及其它致病体的DNA结构。主要是使DNA中的各种结构键断裂或发生光化学聚合反应，例如使DNA中THYMINE二聚，从而使各种病毒、细菌以及其它致病体丧失复制繁殖能力，达到灭菌的效果。
紫外线杀菌波段主要介于200～300nm之间，其中以253.7
nm波长的杀菌能力最强。当水或空气中的各种细菌病毒经过紫外线（253.7nm波长）照射区域时，紫外线穿透微生物的细胞膜和细胞核，破坏核酸（DNA或RNA）的分子键，使其失去复制能力或失去活性而死亡，从而在不使用任何化学药物的情况下杀灭水或空气中所有的细菌病毒。
紫外线消毒技术是国际上90年代末兴起的最新一代消毒技术。它集光学、微生物学、电子、流体力学、空气动力学为一体，具有高效率、广谱性、低成本、长寿命、大水量和无二次污染的特点，是国际上公认的21世纪的主流消毒技术。